Степень бактериальной чистоты минеральных вод определяется по наличию кишечной палочки. В минеральных водах, разлитых в бутылки, их число должно быть не более 3 в 1 дм
3 (коли-индекс). При обеззараживании должны уничтожаться все микроорганизмы, в том числе патогенные. Используют обработку ультрафиолетовыми лучами, солями серебра, гипохлоридом натрия. Воды, поступающие из каптажа с колититром менее 2, обеззараживанию, как правило, не подвергаются.